La Facultad de Odontología se remonta en sus orígenes al año 1953 con la creación de la Escuela de Odontología dependiente de la Universidad de Chile. Su primer director fue el prestigioso Cirujano Dentista y hombre público, Ernesto Dighero Lajaña, y desde ese entonces más de 50 generaciones de profesionales de Odontólogos se han formado en sus aulas.

La Universidad de Valparaíso, heredera de la Universidad de Chile, crea en 1986 la Facultad de Odontología como una unidad autónoma en las funciones inherentes a la Docencia, Investigación y Extensión, reforzando las actividades de postgrado, a través de estudios de perfeccionamiento, especialidades y el grado de Magíster en sus disciplinas.